2 月份   單細(xì)胞測序相關(guān)文獻(xiàn)

二月份搜集到單細(xì)胞測序相關(guān)文獻(xiàn) 43 篇（IF>9），下面列出具體信息，一起看看有沒有您關(guān)注的研究方向，可提供相關(guān)原文。

精選高分文獻(xiàn)

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Single-cell and spatial transcriptomics reveal somitogenesis in gastruloids. Nature. 2020. 

類原腸胚是胚胎干細(xì)胞的三維聚集體，在著床后表現(xiàn)出哺乳動物發(fā)育的關(guān)鍵特征，包括胚層分化和軸向組織。目前為止，只有少數(shù)基因在原腸胚中的表達(dá)模式在顯微鏡下得到研究，并且還不清楚類原腸胚中的全基因組表達(dá)模式在多大程度上模仿了胚胎中的表達(dá)模式。在這里，作者使用單細(xì)胞 RNA 測序和空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)來比較小鼠類原腸胚和小鼠胚胎，鑒定了各種先前未知的類原腸胚細(xì)胞類型，并表明體節(jié)發(fā)生的關(guān)鍵調(diào)控因子在胚胎和類原腸胚之間表達(dá)相似。利用活體成像技術(shù)，作者證明了體節(jié)發(fā)生鐘在類原腸胚中是活躍的，并且具有與活體相似的動力學(xué)。因?yàn)轭愒c胚可以大量生長，所以作者進(jìn)行了一個小篩選，揭示了 FGF 信號的降低是如何誘導(dǎo)胚胎出現(xiàn)短尾表型的。作者證明了在基質(zhì)膠中包埋會誘導(dǎo)類原腸胚產(chǎn)生具有正確頭尾模式的體節(jié)，這些體節(jié)隨著時間的推移以從到后的方向依次出現(xiàn)。因此，這項(xiàng)研究顯示了類原腸胚作為模型系統(tǒng)的能力，其能夠以高通量方式研究體外發(fā)育和體節(jié)發(fā)生。

- 02 -

Peripheral T cell expansion predicts tumour infiltration and clinical response [published online ahead of print, 2020 Feb 26]. Nature. 2020.   

摘要：

盡管阻斷 PD1 與其配體 PDL1 相互作用的抗體在癌癥治療中取得了巨大的臨床成功，但所涉及的機(jī)制仍不清楚。了解 T 細(xì)胞在腫瘤免疫中的起源和命運(yùn)的一個主要限制是缺乏關(guān)于癌癥患者個體克隆型 T 細(xì)胞分布的定量信息。在這里，通過對不同類型癌癥患者的 RNA 和 T 細(xì)胞受體進(jìn)行深入的單細(xì)胞測序，作者調(diào)查了癌、癌旁和外周血中不同群體的 T 細(xì)胞和 T 細(xì)胞受體的分布情況。作者發(fā)現(xiàn)效應(yīng)型 T 細(xì)胞不僅在腫瘤內(nèi)而且在正常鄰近組織中呈克隆性擴(kuò)張的明確證據(jù)。具有這種克隆型擴(kuò)增基因特征的患者對抗 PDL1 治療反應(yīng)。值得注意的是，在腫瘤和正常鄰近組織中發(fā)現(xiàn)的擴(kuò)增克隆型通常也可以在外周血中檢測到，這表明這是一種方便的患者識別方法。作者對自己的數(shù)據(jù)和幾個外部數(shù)據(jù)集的分析表明，腫瘤內(nèi)的 T 細(xì)胞（特別是有反應(yīng)的患者）被來自腫瘤外部位的新鮮的、未耗盡的替代細(xì)胞所補(bǔ)充，這表明這些患者的癌癥免疫周期持續(xù)活躍，其加速可能與臨床反應(yīng)有關(guān)。

- 03 -

Lymphoma Driver Mutations in the Pathogenic Evolution of an Iconic Human Autoantibody. Cell. 2020         

摘要：

致病性自身抗體出現(xiàn)在許多自身免疫性疾病中，但尚不清楚它們?nèi)绾翁颖芗?xì)胞免疫檢查點(diǎn)的控制。作者通過單細(xì)胞多組學(xué)分析發(fā)現(xiàn)，淋巴樣惡性腫瘤與由常見類風(fēng)濕因子自身抗體引起的混合型冷球蛋白血癥有共同的機(jī)制。通過將單細(xì)胞 DNA 和 RNA 測序與血清抗體肽測序和抗體合成相結(jié)合，發(fā)現(xiàn)產(chǎn)生致病性自身抗體的稀有循環(huán) B 淋巴細(xì)胞構(gòu)成了產(chǎn)生累積突變的克隆樹。在產(chǎn)生致病性自身抗體的流氓 B 細(xì)胞中存在淋巴瘤驅(qū)動基因突變和 V(D)J 突變（CARD11、TNFAIP3、CCND3、ID3、BTG2 和 KLHL6)。抗體 V（D）J 突變通過在低溫度下使抗原結(jié)合的自身抗體發(fā)生相變成為不溶性聚集物而賦予其致病性。該結(jié)果揭示了人類淋巴瘤腫瘤形成的前階段一系列導(dǎo)致標(biāo)志性致病性自身抗體的體細(xì)胞突變。

- 04 -

Single-Cell Transcriptomic Atlas of Primate Ovarian Aging. Cell. 2020          

摘要：

卵巢衰老和女性與年齡相關(guān)的生育力下降的分子機(jī)制仍不清楚。我們調(diào)查了年輕人和老年人的非人類靈長類動物（NHP）卵巢的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)情況，并鑒定了七種具有不同基因表達(dá)特征的卵巢細(xì)胞類型，包括卵母細(xì)胞和六種類型的卵巢體細(xì)胞。卵母細(xì)胞基因表達(dá)動力學(xué)的深入解剖揭示了在順序和逐步發(fā)展階段的四個亞型。細(xì)胞類型特異性衰老相關(guān)的轉(zhuǎn)錄變化的進(jìn)一步分析揭示了早期卵母細(xì)胞和顆粒細(xì)胞特有的抗氧化劑信號傳導(dǎo)的紊亂，表明氧化損傷是卵巢功能下降的關(guān)鍵因素。另外，老年婦女的顆粒細(xì)胞中發(fā)現(xiàn)了失活的抗氧化途徑，活性氧增加和凋亡。這項(xiàng)研究以單細(xì)胞分辨率全面了解了靈長類動物卵巢衰老背后的細(xì)胞類型特異性機(jī)制，揭示了新的診斷性生物標(biāo)記物以及與年齡相關(guān)的人類卵巢疾病的潛在治療靶標(biāo)。

- 05 -

An immune-cell signature of bacterial sepsis. Nat Med. 2020.         

摘要：

對細(xì)菌感染的免疫應(yīng)答失調(diào)會導(dǎo)致膿毒癥，這是一種死亡率很高的情況。多項(xiàng)全血基因表達(dá)研究已經(jīng)確定了膿毒癥相關(guān)的分子標(biāo)記，但還沒有解決特定細(xì)胞類型轉(zhuǎn)錄狀態(tài)的變化。在這里，作者使用單細(xì)胞 RNA 測序技術(shù)，通過三個臨床組以及相應(yīng)的對照（n = 36）對膿毒癥患者（n = 29）的血液進(jìn)行了分析。作者對所有受試者的外周血單核細(xì)胞（PBMC，106,545 個細(xì)胞）和樹突狀細(xì)胞（19,806 個細(xì)胞）進(jìn)行了分析，并根據(jù)其基因表達(dá)譜的進(jìn)行聚類，確定了 16 種免疫細(xì)胞狀態(tài)。作者確定了一種在膿毒癥患者中擴(kuò)大的獨(dú)特的 CD14 + 單核細(xì)胞狀態(tài)，并利用來自不同疾病病因和多個地理位置（18 個隊(duì)列，n?=?1,467 個受試者）的公共轉(zhuǎn)錄數(shù)據(jù)驗(yàn)證了其在區(qū)分這些個體和對照組方面的能力。作者確定了一組用于分離和量化單核細(xì)胞狀態(tài)的表面標(biāo)志物，并對其表觀和功能表型進(jìn)行了表征，提出了一個從人骨髓中誘導(dǎo)單核細(xì)胞狀態(tài)的模型。這項(xiàng)研究證明了單細(xì)胞測序在發(fā)現(xiàn)疾病相關(guān)細(xì)胞學(xué)特征方面的作用，并為細(xì)菌性膿毒癥免疫失調(diào)的細(xì)胞學(xué)基礎(chǔ)提供了見解。

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