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伯豪生物
small RNA 測(cè)序
 電子資料  調(diào)研問(wèn)卷

技術(shù)簡(jiǎn)介

small RNA 是指長(zhǎng)度在 18~30nt 的內(nèi)源性 RNA,包括 miRNA,siRNA 和 piRNA 等。它們?cè)?mRNA 的轉(zhuǎn)錄及轉(zhuǎn)錄后水平的調(diào)控中發(fā)揮重要作用,參與細(xì)胞生長(zhǎng)、分化、代謝等各個(gè)生物學(xué)過(guò)程,對(duì)生物體的正常發(fā)育和疾病過(guò)程起著關(guān)鍵作用。Small RNA 測(cè)序是指基于高通量測(cè)序平臺(tái)對(duì)目標(biāo)樣本的 small RNA 進(jìn)行大規(guī)模檢測(cè),同時(shí)發(fā)現(xiàn)新的小 RNA,結(jié)合生物信息學(xué)挖掘手段,研究 small RNA 的功能、結(jié)構(gòu)和調(diào)控機(jī)制。

伯豪優(yōu)勢(shì)

樣本處理:超過(guò) 200 種樣本的 RNA 抽提經(jīng)驗(yàn);易降解樣本、微量樣本的抽提解決方案;

文庫(kù)構(gòu)建:兼容組織、細(xì)胞、FFPE、血漿、外泌體等特殊樣本的建庫(kù)能力;

質(zhì)控管理:ISO9001 認(rèn)證,Illumina CSPro 認(rèn)證;

數(shù)據(jù)分析:學(xué)術(shù)界權(quán)威的算法;針對(duì) miRNA、siRNA、piRNA 和 tRFs 的特定分析流程;全面的分析內(nèi)容;靈活的定制分析;

項(xiàng)目成果:協(xié)助客戶在 miRNA、piRNA、tRFs 領(lǐng)域發(fā)表多篇論文。

實(shí)驗(yàn)流程

實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)——樣本取材——RNA 抽提——文庫(kù)構(gòu)建——測(cè)序——數(shù)據(jù)分析

樣本要求

樣本類型:含有 samll RNA 的 total RNA

樣本總量:≥2μg

樣本濃度:50ng/ul

推薦數(shù)據(jù)量:20M reads/ 樣本

分析流程

smallRNA 測(cè)序數(shù)據(jù)分析

smallRNA 測(cè)序數(shù)據(jù)分析分類

案例展示

案例一

外泌體攜帶蛋白質(zhì)、mRNA 和 miRNA,參與細(xì)胞廢物管理和細(xì)胞間通訊。在細(xì)胞和動(dòng)物模型中,mTORC1 的持續(xù)激活會(huì)抑制外泌體的釋放,導(dǎo)致細(xì)胞內(nèi) CD63 陽(yáng)性外泌體前體的積累。雷帕霉素或營(yíng)養(yǎng)和生長(zhǎng)因子的缺乏會(huì)抑制 mTORC1 并促進(jìn)外泌體釋放,同時(shí)引起細(xì)胞自噬。對(duì)雷帕霉素處理的細(xì)胞所釋放外泌體中成分含量的分析發(fā)現(xiàn),抑制 mTORC1 并不會(huì)顯著改變其大多數(shù)蛋白和 miRNA 的組成。這一研究揭示了外泌體分泌受營(yíng)養(yǎng)調(diào)節(jié)的機(jī)制,提示 mTORC1 可能通過(guò)同時(shí)抑制自噬與外泌體釋放,導(dǎo)致細(xì)胞內(nèi)廢物累積,從而促進(jìn)衰老。

參考文獻(xiàn)

Zou W, Lai M, Zhang Y. et al. Exosome Release Is Regulated by mTORC1. Adv Sci. 2018 Dec 11;6(3):1801313.

smallRNA 測(cè)序案例一配圖

圖:mTORC1 處理后外泌體 miRNA 及蛋白質(zhì)組成



案例二

研究背景

生殖系細(xì)胞中存在一類特異地與 PIWI 家族蛋白質(zhì)相互作用的小分子 RNA,即 PIWI-interacting RNA,簡(jiǎn)稱 piRNA,能夠引導(dǎo)蛋白質(zhì)沉默散落于基因組中的轉(zhuǎn)座子,從而束縛轉(zhuǎn)座子,維持基因組的穩(wěn)定性和完整性。piRNA 的 5′末端具有很強(qiáng)的 U 堿基偏好性,其 3' 末端被 2′-O-Me 修飾,以保護(hù)其免受核酸外切酶降解。Pnldc1 突變小鼠表現(xiàn)出了減數(shù)分裂和精子發(fā)生時(shí)期障礙,這種功能缺陷與 LINE1 活性相關(guān)。文章證實(shí)了 PNLDC1 對(duì)于 piRNA 前體 3‘修剪具有必要的作用,使得 30-40 nt piRNAs 前體能夠轉(zhuǎn)化為成熟的 piRNA,而 Pnldc1 突變小鼠仍然能夠正常進(jìn)行 5‘piRNA 修剪。Pnldc1 突變小鼠中由于 3’不能正常發(fā)生修剪而形成的變長(zhǎng)的 piRNA,雖然能夠與 MILI 蛋白結(jié)合,卻不能發(fā)揮正常的生理功能,致使 L1 轉(zhuǎn)座子不能正常沉默而導(dǎo)致雄性不育。

參考文獻(xiàn)

Cui Yq, G Xj, Shen B. An essential role for PNLDC1 in piRNA 3′ end trimming and male fertility in mice. Cell Res.10.1038/cr.2017.125.

smallRNA 測(cè)序案例二配圖

圖 piRNA 在 Pnldc1 突變小鼠中 24-30nt 的前粗線期 piRNA 總量減少了 72.51%

-END-

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