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伯豪生物
亞細(xì)胞空間 |Xenium 原位分析
 電子資料 調(diào)研問(wèn)卷


技術(shù)簡(jiǎn)介

在生物學(xué)研究中,幾乎一切都與結(jié)構(gòu)有關(guān),甚至可以說(shuō),功能也是結(jié)構(gòu)的產(chǎn)物。因此,以亞細(xì)胞分辨率在空間原位進(jìn)行多組學(xué)分析,對(duì)于生物學(xué)科學(xué)研究而言重要性不言而喻。Xenium 原位技術(shù)平臺(tái)可幫助用戶實(shí)現(xiàn)亞細(xì)胞分辨率的靶向基因和蛋白表達(dá)原位分析。該平臺(tái)可以將單分子 RNA 和蛋白檢測(cè)的功能與強(qiáng)大的光學(xué)元件、數(shù)據(jù)采集和精確解碼技術(shù)相結(jié)合,能夠以亞細(xì)胞分辨率在整張切片上快速檢測(cè)大量靶點(diǎn)的組織原位表達(dá)水平。可以兼容多種樣品類型,包括新鮮冷凍(FF)組織和福爾馬林固定石蠟包埋(FFPE)組織。

Xenium

Xenium 切片與貼片

樣本要求

1.? 新鮮樣本:需要 OCT 包埋,干冰法或者異戊烷法皆可。

2.? 石蠟樣本:需要送石蠟塊。(與空轉(zhuǎn) V2 版本不同,Xenium 樣本只能貼在正式芯片上實(shí)驗(yàn),而非貼在白片上進(jìn)行轉(zhuǎn)片,所以不能直送切片。)

3.? 可貼片區(qū)域:10mm*22mm(大框區(qū)域 12*24mm,邊上“+”定位點(diǎn)不能被切片覆蓋)。

4.? 可多樣本拼片(但同一芯片選擇的 panel 必須相同)。


Xenium 原位技術(shù) ?Panel 列表

pannel

1. 人乳腺癌 panel:280 genes,可再定制 100 genes;

2. 小鼠腦 panel:248 genes,可再定制 100 genes;

3. 目前人和小鼠都有泛組織的 panel;

4. 后續(xù)我司也會(huì)預(yù)定制 panel:腫瘤、免疫、神經(jīng)方向等。


實(shí)驗(yàn)流程

實(shí)驗(yàn)流程

1.?Xenium 的實(shí)驗(yàn)流程主要分四部分:組織切片、探針雜交與擴(kuò)增、上機(jī)測(cè)試、數(shù)據(jù)分析;

2.? 從組織切片到數(shù)據(jù)下機(jī)所需時(shí)間為:6- 8 天(依樣本貼片大小而增減上機(jī)時(shí)間,樣本覆蓋面越大,上機(jī)時(shí)間越長(zhǎng))。


Xenium 原位技術(shù) - 下機(jī)數(shù)據(jù)

下機(jī)數(shù)據(jù)

1.? 網(wǎng)頁(yè)質(zhì)控:基礎(chǔ)信息、提示警告或者錯(cuò)誤信息;

2.? 擬合的 DAPI 圖像:OME-TIFF(格式);

3.? 細(xì)胞切割和邊界信息:細(xì)胞核和細(xì)胞邊界坐標(biāo);

4.? 亞細(xì)胞分辨率轉(zhuǎn)錄本定位(基因表達(dá))信息:轉(zhuǎn)錄本定位和細(xì)胞分配信息;

5.? 細(xì)胞 - 分析物表達(dá)矩陣:HDF5? 和 ?MTX(后續(xù)可以直接進(jìn)行分析);

6.? 后續(xù)分析:包含表達(dá)水平,細(xì)胞定位、分型,聚類,降維分析和差異表達(dá)。


應(yīng)用領(lǐng)域

1.? 疾病組織異質(zhì)性的量化評(píng)價(jià);

2.? 組織微環(huán)境免疫細(xì)胞組學(xué)深度分析;

3.? 伴隨診斷組織空間標(biāo)志物的篩選;

4.? 藥物創(chuàng)新靶點(diǎn)的發(fā)現(xiàn)和藥物輔助開(kāi)發(fā)。


Xenium 原位技術(shù)多組學(xué)聯(lián)合

1.?Xenium 獨(dú)立分析:探究關(guān)注基因集(panel)的空間表達(dá)特征,解析復(fù)雜組織中細(xì)胞組成及細(xì)胞間的互作,研究特定生理病理結(jié)構(gòu)區(qū)域下的基因表達(dá)信息。推薦腫瘤、免疫、神經(jīng)(神經(jīng)性疾病、或者做感知、認(rèn)知方向)等研究領(lǐng)域的客戶;

2.?Xenium+ 單細(xì)胞聯(lián)合分析:解鎖各個(gè)細(xì)胞群的空間位置信息,更高靈敏度及特異性地挖掘細(xì)胞間互作及分子調(diào)控機(jī)制,對(duì)關(guān)注基因的表達(dá)及目標(biāo)細(xì)胞群(如新鑒定到的細(xì)胞亞群)進(jìn)行亞細(xì)胞定位研究;

3.?Xenium 原位雜交 + 空轉(zhuǎn):解析亞細(xì)胞水平時(shí)空基因組學(xué);

4.? 單細(xì)胞 + 空轉(zhuǎn) +Xenium 原位雜交:對(duì)多細(xì)胞類型近距離共存區(qū)域的細(xì)胞類型進(jìn)行精確定位。

聯(lián)合分析

▲在關(guān)注非典型導(dǎo)管增生區(qū)域(多細(xì)胞類型近距離共存區(qū)域)時(shí)可以清晰的定位八種細(xì)胞類型



電子資料

序號(hào) 文件類型 查閱
1 【畫(huà)冊(cè)】空間基因表達(dá)解決方案 點(diǎn)擊查看
2 【畫(huà)冊(cè)】石蠟樣本(FFPE)空間基因表達(dá)解決方案 點(diǎn)擊查看
3 【畫(huà)冊(cè)】新鮮樣本(FF)空間基因表達(dá)解決方案 點(diǎn)擊查看


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