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伯豪生物 | 文章集錦 | 3 月單細胞測序文章在這里!
發(fā)布時間:2020-04-03 瀏覽次數(shù):8852
三月份單細胞高分文獻匯總;幾處早鶯爭暖樹;誰家新篇豪橫!

三月份單細胞高分文獻匯總

三月份單細胞測序相關(guān)文獻共收集到 33 篇(IF>9),文末表中列出文獻發(fā)表期刊、研究方向和技術(shù)平臺等信息,接下來先看看其中 6 篇。


【標(biāo)題】在單細胞水平上構(gòu)建人類細胞圖譜

【平臺】Microwell-seq

【期刊】Nature(IF=43.1)

【時間】2020-03-25  

【摘要】單細胞分析是研究復(fù)雜系統(tǒng)中細胞異質(zhì)性的重要工具。然而,一個完整的單細胞圖譜還沒有被用于人類。研究人員使用單細胞 mRNA 測序來確定所有主要人體器官的細胞類型組成,并構(gòu)建了一個人類細胞圖譜(HCL) 方案。研究人員揭示了許多組織的單細胞層次結(jié)構(gòu),但這些組織的特征還不清楚。研究人員建立了一個“單細胞 HCL 分析”流程,幫助定義人類細胞身份。研究人員對人類和小鼠的圖譜進行了單細胞比較分析,以揭示保守的遺傳網(wǎng)絡(luò)。研究人員發(fā)現(xiàn),干細胞和祖細胞表現(xiàn)出很強的轉(zhuǎn)錄隨機性,而分化的細胞則更加明顯。本文的研究為人類生物學(xué)提供了寶貴的資源。



【標(biāo)題】保守的樹突狀細胞調(diào)節(jié)程序限制抗腫瘤免疫

【平臺】10X【期刊】Nature(IF=43.1)

【時間】2020-03-25

【摘要】檢查點阻斷療法改善了癌癥治療,但這種免疫治療方案在很大一部分患者中失敗。傳統(tǒng)的 1 型樹突狀細胞(DC1s)在臨床前模型中控制對檢查點阻斷的反應(yīng),并與癌癥患者更好的總體生存率相關(guān),反映了這些細胞啟動 CD8+ T 細胞 1 - 3 反應(yīng)的特殊能力。然而,矛盾的是,在抵抗檢查點阻斷的腫瘤中可以發(fā)現(xiàn) DC1,這表明這些細胞的功能可能在某些病變中發(fā)生改變。在這里,利用人類和小鼠非小細胞肺癌中的單細胞 RNA 測序,作者鑒定了一組樹突狀細胞(DC),稱之為“富含免疫調(diào)節(jié)分子的成熟樹突狀細胞”(mregDCs),因為它們共同表達免疫調(diào)節(jié)基因(Cd274、Pdcd1lg2 和 Cd200)和成熟基因(Cd40、Ccr7 和 Il12b)。同時發(fā)現(xiàn) mregDC 程序在腫瘤抗原攝取后由典型的 DC1s 和 DC2s 表達。作者進一步發(fā)現(xiàn),mregDCs 中一個關(guān)鍵的檢查點分子程序性死亡配體 1 蛋白的上調(diào)是由受體酪氨酸激酶 AXL 誘導(dǎo)的,而白細胞介素(IL-12)的上調(diào)嚴格依賴于干擾素 -γ,并受 IL- 4 信號的負性控制。阻斷 IL- 4 可增強攜帶 mregDC1s 的腫瘤抗原產(chǎn)生 IL-12,擴大腫瘤浸潤效應(yīng) T 細胞池,減輕腫瘤負擔(dān)。因此,作者發(fā)現(xiàn)了一個與腫瘤抗原攝取相關(guān)的調(diào)節(jié)模塊,它降低了人類和小鼠癌癥中 DC1 的功能。



【標(biāo)題】從成體 Procr+ 祖細胞培養(yǎng)獲得胰島類器官

【平臺】10x

【期刊】Cell(IF=36.2)

【時間】2020.03.19

【摘要】體外制造功能性 β 細胞通常是具有挑戰(zhàn)性的。本文中,研究人員通過單細胞 RNA 測序(scRNA-seq),描述了一種以前未被識別的成年小鼠胰腺蛋白 C 受體陽性(Procr+) 細胞群。這些細胞存在于胰島,不表達分化標(biāo)記物,具有上皮 - 間質(zhì)轉(zhuǎn)化的特征。通過遺傳譜系追蹤,Procr+ 胰島細胞克隆擴增,并在成年期產(chǎn)生所有四種內(nèi)分泌細胞類型。分選后的 Procr+ 細胞,占胰島細胞總數(shù)的 1%,在克隆密度下培養(yǎng)時可穩(wěn)定地形成胰島類器官。通過連續(xù)傳代,可以在較長時間內(nèi)保持指數(shù)擴增,而在培養(yǎng)的任何時間點都可以誘導(dǎo)分化。在分化胰島器官中,β 細胞占主導(dǎo)地位,而 α、δ、PP 細胞發(fā)生在較低的頻率。類器官對葡萄糖有反應(yīng)并分泌胰島素。在糖尿病小鼠移植后,這些器官逆轉(zhuǎn)了疾病。這些結(jié)果表明,成年小鼠胰島含有 Procr+ 內(nèi)分泌祖細胞群。



【標(biāo)題】小膠質(zhì)細胞以 IL- 6 依賴的方式再生促進大腦修復(fù)

【平臺】10x(ST)

【期刊】Cell(IF=36.2)

【時間】2020.03.05

【摘要】認知功能障礙和反應(yīng)性小膠質(zhì)細胞是創(chuàng)傷性腦損傷(TBI) 的標(biāo)志,然而這些細胞是否會導(dǎo)致認知功能障礙和繼發(fā)性炎癥病理仍然知之甚少。本文中,研究人員證明了從小鼠大腦中去除小膠質(zhì)細胞對 TBI 的結(jié)果幾乎沒有影響,但是通過藥理學(xué)或遺傳學(xué)方法誘導(dǎo)這些細胞的周轉(zhuǎn)可以產(chǎn)生一種神經(jīng)保護的小膠質(zhì)細胞表型,這將極大地幫助恢復(fù)。這些新生小膠質(zhì)細胞的有益作用嚴重依賴于通過可溶性 IL- 6 受體(IL-6R) 傳遞白介素 -6 (IL-6) 信號,并有力地支持成體神經(jīng)發(fā)生,特別是通過增加直接支持認知功能的新生神經(jīng)元的存活。研究人員的結(jié)論是,在哺乳動物的大腦中,小膠質(zhì)細胞可以被控制成一種神經(jīng)保護和前再生表型,可以幫助修復(fù)和減輕由腦損傷引起的認知缺陷。



【標(biāo)題】單細胞轉(zhuǎn)錄組分析揭示了經(jīng)典霍奇金淋巴瘤腫瘤微環(huán)境中疾病定義 T 細胞亞群

【平臺】10x

【期刊】Cancer Discovery(IF=26.4)

【時間】2020-03

【摘要】霍奇金淋巴瘤的特點是具有廣泛優(yōu)勢的腫瘤微環(huán)境(TME),由不同類型的非癌性免疫細胞和罕見的惡性細胞組成。細胞成分及其空間關(guān)系的特征對于理解 TME 中的串?dāng)_和治療靶向至關(guān)重要。研究人員對來自 22 個霍奇金淋巴瘤組織標(biāo)本和 5 個反應(yīng)性淋巴結(jié)的 127,000 多個細胞進行了單細胞 RNA 測序,以單細胞分辨率描繪了霍奇金淋巴瘤特異性免疫微環(huán)境的表型。單細胞表達譜鑒定了一個新的霍奇金淋巴瘤相關(guān)的 T 細胞亞群,該亞群具有顯著的抑制性受體 LAG3 的表達,功能分析證實了 LAG3+ T 細胞群作為免疫抑制的中介。對微環(huán)境中免疫細胞的多方面空間評估也顯示,在 MHC Ⅱ類缺陷腫瘤細胞的附近,LAG3+ T 細胞增加。研究人員的發(fā)現(xiàn)為 TME 生物學(xué)提供了新的見解,并為霍奇金淋巴瘤的免疫檢查點靶向提供了新的方法。


【標(biāo)題】單細胞 RNA 測序揭示乳腺癌轉(zhuǎn)移的轉(zhuǎn)錄多樣性和生物能量轉(zhuǎn)移

【平臺】Smart-seq2

【期刊】Nature Cell Biology(IF=17.7)

【時間】2020.03.06

【摘要】雖然轉(zhuǎn)移仍然是大多數(shù)癌癥相關(guān)死亡的原因,但遠端組織的擴散機制尚不清楚。本文中,研究人員建立了一種可靠的方法,利用單細胞 RNA 測序和乳腺癌患者衍生的異種移植模型,來識別在傳播期罕見轉(zhuǎn)移細胞的整體轉(zhuǎn)錄組改變。研究人員發(fā)現(xiàn)原發(fā)腫瘤和微轉(zhuǎn)移均表現(xiàn)出轉(zhuǎn)錄異質(zhì)性,但微轉(zhuǎn)移在病人衍生的異種移植模型中存在一個獨特的轉(zhuǎn)錄機制,該機制可高度預(yù)測病人的不良生存期。通路分析顯示,線粒體氧化磷酸化是微轉(zhuǎn)移中上調(diào)的主要通路,而原發(fā)性腫瘤細胞中糖酵解酶水平較高,研究人員通過流式細胞術(shù)和代謝組學(xué)分析證實了這一點。氧化磷酸化的藥理學(xué)抑制顯著減弱了肺轉(zhuǎn)移性播散,這表明了氧化磷酸化在轉(zhuǎn)移中的功能重要性,并突出了其作為一個治療靶點的潛力,以防止乳腺癌患者的轉(zhuǎn)移性擴散。


下表列出 33 篇文獻信息,一起看看有沒有您關(guān)注的研究方向,可提供相關(guān)原文。


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