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伯豪生物
入股不虧!你必須 pick 的 circRNA
發布時間:2020-05-19 瀏覽次數:8069
近年來,非編碼RNA(ncRNA)調控一直是生物學研究,特別是疾病研究的熱點;包括miRNA、rRNA、tRNA、lncRNA和circRNA等多種未知功能的RNA。大部分的環狀RNA是由外顯子序列構成,在不同的物種中具有保守性,同時存在組織及不同發育階段的表達特異性。由于circRNA對核酸酶不敏感,所以比線性RNA更為穩定,這使得circRNA在作為新型臨床診斷標記物的開發應用上具有明顯優勢,今天就與大家分享幾篇circRNA領域的新研究。

近年來,非編碼 RNA(ncRNA)調控一直是生物學研究,特別是疾病研究的熱點;包括 miRNA、rRNA、tRNA、lncRNA 和 circRNA 等多種未知功能的 RNA。大部分的環狀 RNA 是由外顯子序列構成,在不同的物種中具有保守性,同時存在組織及不同發育階段的表達特異性。由于 circRNA 對核酸酶不敏感,所以比線性 RNA 更為穩定,這使得 circRNA 在作為新型臨床診斷標記物的開發應用上具有明顯優勢,今天就與大家分享幾篇 circRNA 領域的近期研究。


文章展示

環狀 RNA-ZNF532 調節糖尿病引起的視網膜周細胞變性和血管功能障礙

Circular RNA-ZNF532 regulates diabetes-induced retinal pericyte degeneration and vascular dysfunction

期刊:J Clin Invest

影響因子:12.282

單位: 復旦大學、南京醫科大學

摘要: 糖尿病視網膜病(DR)是工作年齡成人視力喪失的主要原因。血管周細胞變性是 DR 的主要臨床表現,但對周細胞變性的機制了解甚少。環狀 RNA(circRNA)在多種生物學過程和疾病進展中起重要作用。該研究中,研究者調查了 circRNA 在周細胞生物學和糖尿病引起的視網膜血管功能障礙中的作用。在糖尿病應激下的周細胞中,糖尿病鼠模型的視網膜血管中以及糖尿病患者的玻璃體液中,cZNF532 的表達上調。cZNF532 沉默可降低周細胞的活力,增殖和分化,并抑制周細胞向內皮細胞募集。cZNF532 通過充當 miR-29a-3p 海綿并誘導 NG2,LOXL2 和 CDK2 的表達增加,進而調節周細胞生物學功能。降低 cZNF532 或 miR-29a-3p 的表達加劇了鏈脲佐菌素誘導的視網膜周細胞變性和血管功能障礙。相比之下,cZNF532 的過表達或 miR-29a-3p 的抑制可改善人糖尿病性視網膜病變引起的玻璃體和視網膜周細胞變性和血管功能障礙。該研究結果數據確定了 circRNA 介導的機制,可協調 DR 中的周細胞生物學和血管穩態。誘導 cZNF532 或抑制 miR-29a-3p 是治療 DR 的一種可利用的治療方法。


圖示:cZNF532 在糖尿病視網膜病(DR)中功能機制示意圖


環狀 RNA-circBFAR 通過 miR-34b-5p/MET/Akt 通路促進胰腺導管腺癌的惡化

Circular RNA circBFAR promotes the progression of pancreatic ductal adenocarcinoma via the miR-34b-5p/MET/Akt axis

期刊:Molecular Cancer

影響因子:10.679

單位: 中山大學孫逸仙紀念醫院

摘要: 眾多的研究表明,CircRNA 是癌癥惡化的重要參與者,目前胰腺導管腺癌(PDAC) 中 CircRNA 的生物學過程和潛在機制尚不清楚。此研究中研究者通過 Sanger 測序驗證 CircRNA,采用菌落形成、5-Ethynyl-2‘- 脫氧尿苷(EDU) 和 Transwell 法研究了 CIRCB FAR 對 PDAC 細胞體外增殖、侵襲和轉移的影響。進行 RNA pull-down 測定以驗證 circBFAR 與 microRNA miR-34b-5p 的結合。在研究中,發現了一種新的 CircRNA(circBFAR,hsa_circ_0009065),在 208 例 PDAC 患者隊列中上調。circBFAR 的異位表達與腫瘤淋巴結轉移(TNM)呈正相關,并且與 PDAC 患者的預后較相關性較差。此外,抑制 circBFAR 表達顯著抑制體外 PDAC 細胞的增殖和運動及其腫瘤促進和體內模型中的轉移特性。從機制上講,circBFAR 還通過使 miR-34b-5p 海綿化而上調了間充質上皮轉化因子(MET)的表達;circBFAR 過表達增加了 MET 的表達并激活了 Akt 的下游磷酸化(Ser 473),進一步激活了 MET / PI3K / Akt 信號傳導途徑,促進了 PDAC 細胞的惡化。重要的是,MET 抑制劑的應用可以顯著減弱體內 circBFAR 介導的腫瘤發生。文章的研究結果表明,circBFAR 在 PDAC 的增殖和轉移中起著重要作用,可將其作為 PDAC 的潛在預后標志物和治療靶點進行探索。


圖示:circBFAR 通過 miR-34b-5p/MET 通路促進 PDAC 增殖和轉移 的提示機制


TDCIPP 暴露引起的 PC12 細胞 circRNA 表達譜的變化可能通過 Traf2 基因調節下游的 NF-κB 通路

Changes in the circRNA expression profile of PC12 cells induced by TDCIPP exposure may regulate the downstream NF-κB pathway via the Traf2 gene

期刊:Chemosphere

影響因子:5.108

單位: 天津醫科大學

摘要: 磷酸三酯(1,3- 二氯 -2- 丙基)作為一種常用的有機磷阻燃劑(OPFR),已成為一種環境污染物。研究表明,TDCIPP 暴露具有許多毒性作用,如神經毒性,生殖發育毒性和內分泌紊亂。CircRNA 是環狀非編碼 RNA,已發現它們在多種疾病的發生中起重要作用。但是,尚不清楚 circRNA 是否在 TDCIPP 暴露誘導的細胞毒性中起作用。在此研究中,研究者分析了對照組和 PC12 細胞的 TDCIPP 暴露組的 circRNA 芯片結果,并檢測到 3432 個差異表達的 circRNA(P<0.05),其中 TDCIPP 暴露組中 1682 個上調,1750 個下調。通過 qRT-PCR 驗證 2 個上調的和 3 個下調的 circRNA 的表達水平,結果與芯片結果一致。然后,對幾種 circRNA 進行 ceRNA 分析以預測可能的結合 miRNA 和結合位點。通過京都基因和基因組百科全書(KEGG)途徑分析分析靶基因。通過預測分析,發現 rno_circRNA_013845,rno-miR-361-3p 和 rno-miR-702-3p 可能參與 Traf2 表達的調節,從而影響下游 NF-kB 信號通路的表達并引起細胞凋亡。


研究思路

上面這篇文章使用的就是研究 circRNA 芯片常使用的一套研究思路:


技術路線圖


可能很多人想問為何相似的研究套路也可以發高分的文章呢?就像開頭所說,circRNA 可謂是熱點中的熱點,是目前生物學研究領域的流量擔當,加上高端技術的加持,課題新穎,自然容易得到關注,高分文章也不在話下啦~


研究利器

Shbio ceRNA 芯片自推出以來,助力伯豪客戶發表了多篇高分文章。來自天津平津醫院的研究團隊借助 Shbio human ceRNA 芯片 V1.0 篩選膠質母細胞瘤(GBM)中特異高表達的 circRNA/lncRNA,通過進一步的分子機制及功能研究發現 circNT5E 能夠作為 miRNA-422a 的海綿吸附體,抑制其活性,進而影響膠質母細胞瘤的腫瘤發生。來自天津的另一研究團隊利用 Shbio human ceRNA 芯片 V1.0 檢測胃癌病人血漿外泌體中關鍵的 circRNA,通過一系列的研究發現外泌體中的 circRNA ciRS-133 可以通過靶向 miR-133/PRDM16 途徑促進白色脂肪褐變。

 


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