10x 空間轉錄組數據跑完 Space Ranger 之后都會生成單個樣本的 cloupe.cloupe 文件，這個文件可以用 Loupe Browser 來對單個樣本進行可視化，Loupe Browser 操作簡單、結果直觀，非常適合不太會寫代碼的老師或同學來自己挖掘數據。但是，做過單細胞或空間轉錄組項目的同學應該都知道，實際上做數據分析的時候是需要多個樣本合并起來分析的，如果再用單個樣本進行可視化就不太合適了，所以我們需要把多個樣本的 cloupe.cloupe 整合成一個合并的 cloupe 文件，這樣就方便自己用 Loupe Browser 來有效的挖掘有價值的信息。
這里我們來介紹一下，怎么用 10x spaceranger aggr 來合并多個空間轉錄組測序的樣本數據。
步驟一
確保單個樣本的 spaceranger count 已經跑完了，假如我們前面運行 spaceranger count 時生成了三個文件：
1 $ spaceranger count --id=LV123 ……
2 wait for pipeline to finish ……
3 $ spaceranger count --id=LB456 ……
4 wait for pipeline to finish ……
5 $ spaceranger count --id=LP789 ……
6 wait for pipeline to finish ……
步驟二
準備樣本信息的 csv 文件，內容格式如下（注意逗號分隔）。
列信息說明：
library_id: 樣本 id；
molecule_h5: 運行 spaceranger count 生成的 molecule_info.h5 文件路徑；
cloupe_file: 運行 spacerangercount 生成的 cloupe.cloupe 文件路徑；
spatial_folder： 運行 spaceranger count 生成的 spatial 文件夾路徑。
除了上面指定的 4 列之外，也可以加入其它分類信息的列，之后會在 Loupe Browser 可視化的時候當成一個分組方式來展示。比如下面，增加一列樣本分組信息，不過注意這里因為寬度的原因把 spatial_folder 列省略掉了，實際上 spatial_folder 這一列還是有的。
另外需要注意，spaceranger aggr 是不進行批次校準的，所以不同的染色方法的組織是不能合并到一起的（例如免疫熒光和 H & E 染色的組織切片）。
步驟三
運行 spaceranger aggr：
1 $ spaceranger aggr --id=AGG123 \
2 -- csv=AGG123_libraries.csv \
3 -- normalize=mapped
參數說明：
--id： 輸出文件的 id
--csv： 樣本信息 csv 文件
--normalize：depth 歸一化的方法，默認是 mapped，也可以選 none。
結果輸出：
成功運行后會到的下面的信息（包括主要的輸出文件）
1 2018-10-04 13:36:33[runtime] (run:local)
ID.AGG123.SPATIAL_RNA_AGGREGATOR_CS.SPATIAL_RNA_AGGREGATOR.SUMMARIZE_AGGREGATED_REPORTS.fork0.join
2 2018-10-04 13:36:36 [runtime] (join_complete)
ID.AGG123.SPATIAL_RNA_AGGREGATOR_CS.SPATIAL_RNA_AGGREGATOR.SUMMARIZE_AGGREGATED_REPORTS
3 2018-10-04 13:36:45 [runtime] VDR killed 210files, 29MB.
4
5 Outputs:
6 - Aggregation metrics summary HTML: /home/jdoe/runs/AGG123/outs/web_summary.html
7 - Aggregation metrics summary JSON: /home/jdoe/runs/AGG123/outs/summary.json
8 - Secondary analysis output CSV: /home/jdoe/runs/AGG123/outs/analysis
9 - Filtered feature-barcode matrices MEX: /home/jdoe/runs/AGG123/outs/filtered_feature_bc_matrix
10 - Filtered feature-barcode matrices HDF5: /home/jdoe/runs/AGG123/outs/filtered_feature_bc_matrix.h5
11 - Unfiltered feature-barcode matrices MEX: /home/jdoe/runs/AGG123/outs/raw_feature_bc_matrix
12 - Unfiltered feature-barcode matrices HDF5: /home/jdoe/runs/AGG123/outs/raw_feature_bc_matrix.h5
13 - Copy of the input aggregation CSV: /home/jdoe/runs/AGG123/outs/aggregation.csv
14 - Loupe Browser file: /home/jdoe/runs/AGG123/outs/cloupe.cloupe
15 - Aggregated tissue positions list: /home/jdoe/runs/AGG123/outs/aggr_tissue_positions_list.csv
16 - Spatial folder containing spatial images and scalefactors: /home/jdoe/runs/AGG123/outs/spatial
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