九月份單細胞測序相關文獻共收集到 48 篇（IF>9），文末列表中列出文獻發表期刊、研究方向和技術平臺等信息，接下來先看看其中 6 篇。

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【標題】內皮細胞血液動力學適應性有利于器官發育和腫瘤發生

【平臺】10X

【期刊】Nature（IF=43.1）

【時間】2020-09-09

【摘要】內皮細胞具有組織特異性，可指導器官發育和再生。這種適應性在培養的成熟內皮細胞中喪失，因為成熟內皮細胞不以器官型的方式使組織血管化。研究者發現在由層粘連蛋白、牙本質素和 IV 型膠原（LEC 基質）組成的無血清三維基質中培養的成熟的人內皮細胞中，胚胎限制性 ETS 變體轉錄因子 2(ETV2)3 的瞬時重新激活將這些內皮細胞‘復位’為適應性強的血管生成細胞，從而形成可灌注和可塑的血管叢。通過染色質重塑，ETV2 誘導腎小管生成途徑，包括 RAP1 的激活，RAP1 促進持久管腔的形成。在在不受生物支架約束的三維矩陣中，“重置”的血管內皮細胞（R-VEC）在可擴展的微流室內自動組裝成穩定的，多層的分支血管網絡，從而能夠介導血液運轉。在體內，皮下植入小鼠體內的 R -VEC 自組織成耐用的周細胞包被的血管，該血管在功能上與宿主循環吻合，并具有穩定性，沒有畸形或血管瘤的跡象。R-VEC 與三維共培養類器官中的細胞直接相互作用，從而消除了芯片器官發育系統所需的限制性合成半透膜，因此為血管化提供了生理學平臺，研究者稱之為“Organ-?On-VascularNet”。R-VEC 可以灌注葡萄糖反應性胰島素分泌型人胰島，血管化去細胞大鼠腸道，并形成健康人或癌癥患者的結腸類器官。使用單細胞 RNA 測序和表觀遺傳學分析，研究者證明 R -VECs 建立了一種適應性的血管生態位，可以以組織特異性的方式差異性地調節和適應類器官和類瘤。Organ-On-VascularNet 模型將允許進行代謝，免疫和理化研究，并進行篩選以破譯器官型內皮細胞與實質細胞之間的串擾，以鑒定內皮細胞異質性的決定因素，并可能導致治療性器官修復和腫瘤靶向的發展。

【標題】重編程路線圖揭示人誘導滋養層干細胞的生成途徑

【平臺】10X（snRNA-seq?&?scRNA-seq）

【期刊】Nature（IF=43.1）

【時間】2020-09-16

【摘要】將人類體細胞重編程為引發或原始誘導的多能干細胞，重現了早期胚胎發育的階段。這些重編程過程的分子機制在很大程度上尚待探索，這阻礙了我們的理解，并限制了對重編程方案的合理改進。為了解決這些問題，研究者使用單細胞轉錄組學重建了人類皮膚成纖維細胞的分子重編程軌跡。這表明，重新編程為準備好的和幼稚的多能性遵循著不同且截然不同的軌跡。此外，可及染色質全基因組分析表明核心多能性基因調控元件的關鍵變化，以及隨著時間的推移，染色質可及性的整體變化。對這些數據集的綜合分析揭示了與滋養外胚層譜系相關的轉錄因子的作用，以及在重編程期間進入滋養外胚層樣狀態的細胞亞群的存在。此外，可以捕獲這種類似于滋養外胚層的狀態，從而能夠誘導滋養層干細胞。誘導的滋養層干細胞在分子和功能上類似于衍生自人胚泡或早孕胎盤的滋養層干細胞。我們的結果為轉錄因子介導的人類體細胞的重編程提供了高分辨率路線圖，表明了滋養外胚層譜系特異性調控程序在此過程中的作用，并促進了體細胞直接重編程為誘導的滋養層干細胞。

【標題】再生反應性增強子竟影響脊椎動物的再生能力

【平臺】10X，ChIP-seq

【期刊】Science（IF=41）

【時間】2020-09-04

【摘要】脊椎動物的再生能力各不相同，這種差異背后的遺傳機制仍然難以捉摸。兩種近緣硬骨魚的比較表觀基因組圖譜和單細胞測序揭示出對再生的物種特異性和進化保守的基因組應答。保守應答揭示了幾個再生反應增強子（RRE)，包括抑制素 βA(Inhba) 上游的一個元件，抑制素 βA 是一種已知的脊椎動物再生效應因子。該元件激活了再生轉基因魚的表達，其基因組缺失共同干擾了尾鰭再生和心臟再生。增強子存在于哺乳動物中，具有功能必需的激活蛋白 1（AP-1）結合基序，并對損傷做出響應，但它不能挽救魚類的再生。這項工作表明，富含 AP- 1 的 RRE 的變化可能是脊椎動物再生能力喪失的重要原因。

【標題】人和小鼠腸道神經系統單細胞圖譜

【平臺】10X（單細胞核測序），RAISIN?RNA-seq，MIRACL-seq

【期刊】Cell（IF=36.2）

【時間】2020-09-03

【摘要】腸神經系統（ENS) 協調腸道中的各種功能，但由于細胞的稀有性和多樣性，一直無法進行全面的分子表征。研究者開發了兩種方法以單細胞分辨率對成年小鼠和人類的 ENS 進行分析：RAISIN?RNA-seq 用核糖體結合的 mRNA 譜分析完整的細胞核，而 MIRACL-seq 通過基于液滴的無標簽富集稀有細胞類型分析。小鼠圖譜中的 1,187,535 個核包括來自回腸和結腸的 5,068 個神經元，顯示出非凡的神經元多樣性。研究者強調腸道神經元的晝夜表達變化，表明疾病相關基因隨著年齡的增長而失調，并識別回腸和近端 / 遠端結腸之間的差異。在人類中，研究者分析了 436,202 個核，回收了 1,445 個神經元，并鑒定了保守的和物種特異性轉錄程序以及推測的神經上皮，神經基質和神經免疫相互作用。人類 ENS 表達神經性，炎性和腸外疾病的風險基因，提示神經元對疾病的貢獻。

【標題】月經周期人子宮內膜單細胞轉錄組圖譜

【平臺】10X

【期刊】Nat?Med（IF=30.6）

【時間】2020-09-14

【摘要】在人類的月經周期中，子宮內膜會發生重塑，脫落和再生，所有這些都由潛在的細胞層次中大量的基因表達變化驅動。盡管它在人類生育力和再生生物學中很重要，但對這種組織穩態的獨特類型的理解仍然是淺顯的。研究者在整個月經周期的單細胞分辨率下表征了人類子宮內膜的轉錄組轉化，從而在多個維度上解決了細胞異質性。我們在子宮內膜轉化的四個主要階段分析了七種子宮內膜細胞類型（包括以前未鑒定的纖毛細胞類型）的行為，并發現了每種細胞類型和階段的特征性特征。我們發現人類的著床窗口打開與上皮細胞的突然和不連續的轉錄組激活相關，并伴隨在間質成纖維細胞中廣泛的蛻膜化特征。本研究提供了跨月經周期的人類子宮內膜轉化的高分辨率分子和細胞表征，為這一基本的生理過程提供了新見解。

【標題】功能性 CRISPR 分析揭示調控人調節性 T 細胞特性的基因網絡

【平臺】10X

【期刊】Nat?Immunol（IF=23.53）

【時間】2020-09-14

【摘要】調節性 T（Treg）細胞對于免疫穩態至關重要。轉錄因子 FOXP3 維持 Treg 細胞的身份，但控制 Treg 細胞基因表達的關鍵轉錄因子的完整集合仍然未知。研究者使用匯集和排列的 Cas9 核糖核糖蛋白篩選來鑒定在基礎和促炎條件下調節人類原代 Treg 細胞中關鍵蛋白的轉錄因子。然后，他們從經過遺傳擾動和細胞因子刺激的 Treg 細胞中產生了 54,424 個單細胞轉錄組，除了受 FOXO1 和 IRF4 調控的網絡外，還揭示了分別受 FOXP3 和 PRDM1 單獨調控的基因網絡。另外研究者還發現 HIVEP2 以前與 Treg 細胞功能無關，它與 SATB1 共同調控了另一個基因網絡，對于 Treg 細胞介導的免疫抑制非常重要。通過整合 CRISPR 篩選和單細胞 RNA 序列分析，研究者發現了人類 Treg 細胞中的轉錄調節因子和下游基因網絡，這些網絡可能是免疫療法的目標。

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