Figure1 樣本的 cellranger 網(wǎng)頁質(zhì)控結(jié)果展示（頂部部分）

說明：綠色文本表示關(guān)鍵指標(biāo)在預(yù)期范圍內(nèi)，而紅色 / 黃色文本表示錯誤 / 警告。一些指標(biāo)的解釋可以通過點(diǎn)擊？獲得。summary 選項(xiàng)卡報告各種指標(biāo)，包括樣本信息、測序數(shù)據(jù)、細(xì)胞、細(xì)胞聚類、插入大小以及文庫復(fù)雜性。

網(wǎng)頁結(jié)果中更多更詳細(xì)的表頭注釋見附件 1

Figure2 barcode 排序圖

說明：左側(cè)是理想的結(jié)果，曲線呈急劇下降表明細(xì)胞相關(guān)的 barcode 與非細(xì)胞相關(guān)的 barcode 分離良好，右側(cè)是不理想的結(jié)果，曲線呈圓曲線和缺乏陡峭的下降可能表明樣品質(zhì)量低或單細(xì)胞行為的損失。

Figure3 barcode 中 fragment 數(shù)量分布圖

說明：非細(xì)胞組和細(xì)胞組中每個 barcode 的 fragment 數(shù)量分布圖。左側(cè)是理想的結(jié)果，細(xì)胞和非細(xì)胞之間明顯被分開。右側(cè)細(xì)胞和非細(xì)胞存在明顯的重疊，說明樣本質(zhì)量可能存在問題。

Figure4 插入片段大小分布圖

說明：橫坐標(biāo)代表插入片段的長度，縱坐標(biāo)代表插入片段的長度對應(yīng)的 fragment 數(shù)量。左側(cè)圖中轉(zhuǎn)座酶跨越核小體的片段長度，一圈為約為 150bp 數(shù)量（nucleosome free、單核小體和二核小體片段）。插入長度 <200 bp 的片段中鋸齒狀對應(yīng) DNA 的螺旋距（~10.5 bp)。右側(cè)圖中曲線沒有呈現(xiàn)對應(yīng)的周期峰值分布，可能意味著由于樣品質(zhì)量低而導(dǎo)致染色質(zhì)結(jié)構(gòu)的損失。

Figure5 TSS 附近的峰圖分布

說明：橫坐標(biāo)代表轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上下游 1Kb 的位置信息，縱坐標(biāo)代表標(biāo)準(zhǔn)化后的信號值。左側(cè)是理想的結(jié)果，在 TSS 周圍有大量的富集，已知這些區(qū)域比側(cè)邊區(qū)域的染色質(zhì)開放程度更高。右側(cè)是不理想的結(jié)果，TSS 位點(diǎn)附近的低富集（<5%) 可能表明不適當(dāng)?shù)牧呀饣蛉旧|(zhì)結(jié)構(gòu)的丟失。

Figure6 Single Cell Targeting Plot

說明：橫坐標(biāo)代表每個 barcode 的 fragments，縱坐標(biāo)代表與 peak 重疊的 fragments 占總 fragments 比例。左側(cè)圖片，與細(xì)胞相關(guān)的每個 barcode 應(yīng)該有有大量的片段，并且片段在 peaks 上的比例很高（藍(lán)色，右上角）。差的樣本：非細(xì)胞相關(guān)的每個 barcode 有少量的片段，并且片段重疊峰值的百分比較低（紅色，左下角）。一個理想的樣品應(yīng)該在細(xì)胞和非細(xì)胞的兩端有良好的分離

Figure7 單細(xì)胞聚類散點(diǎn)圖

說明：圖中每個點(diǎn)代表 1 個細(xì)胞，結(jié)果中分別通過 cluster 和 depth 進(jìn)行繪圖。左側(cè)圖片顯示不同顏色的代表不同的 cluster，區(qū)分度良好。