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轉(zhuǎn)眼 11 月已經(jīng)過去，又到了小編為大家分享 DNA 甲基化新研究成果的時候了~ 11 月以 DNA methylation 為關(guān)鍵詞檢索到的文獻(xiàn)一共有 570 篇，小編在這里為大家精心挑選了以下 6 篇作為重點分享內(nèi)容。主要通過 450K、850K 或聯(lián)合其他組學(xué)內(nèi)容研究 T 記憶干細(xì)胞、肝癌、神經(jīng)膠質(zhì)瘤、哮喘、阿茲海默癥以及創(chuàng)傷后應(yīng)激障礙中 DNA 甲基化修飾的影響等。在文末附表中列出更多 DNA 甲基化研究的文獻(xiàn)和高分綜述的研究方向、登刊時間、技術(shù)平臺和摘要等信息，讓您不用再費時費力搜索，就能輕松獲取 11 月新的 DNA 甲基化研究成果和動態(tài)，平均 IF>10。

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標(biāo)題：MEK 抑制劑可將 CD8+ T 淋巴細(xì)胞重編程為具有強(qiáng)大抗腫瘤作用的記憶干細(xì)胞

時間：2020/11/23 

單位：喬治敦大學(xué)

期刊：Nat Immunol  20.479

平臺：WGBS、MSP、非靶向代謝組、脂質(zhì)組

摘要：免疫治療中，T 記憶干細(xì)胞作用時間長且能產(chǎn)生更強(qiáng)的效應(yīng)。作者發(fā)現(xiàn)，MEK1/ 2 抑制劑（MEKi）能夠誘導(dǎo)具有自我更新能力且多能性和增殖能力增強(qiáng)表型的 TSCM。它可以通過延遲細(xì)胞分裂并增強(qiáng)線粒體的生物發(fā)生和脂肪酸氧化能力，卻不影響 T 細(xì)胞受體介導(dǎo)的活化能力。DNA 甲基化分析顯示，MEKi 誘導(dǎo)的 TSCM 細(xì)胞具有和來自健康供體的原始 TSCM 相似的可塑性和基因座特異性特征，并且具有幼稚細(xì)胞和中樞記憶 T 細(xì)胞的中間特征。體外實驗證明，MEKi 處理的 CD8+ T 細(xì)胞具有更強(qiáng)的免疫記憶應(yīng)答效應(yīng)。這種方法可以產(chǎn)生對過繼細(xì)胞療法具有更高功效的 T 細(xì)胞。此外，MEKi 處理的荷瘤小鼠也表現(xiàn)出更強(qiáng)的免疫介導(dǎo)的抗腫瘤作用?？傊?，作者揭示了 MEKi 可將 CD8+ T 淋巴細(xì)胞重編程為具有強(qiáng)大抗腫瘤作用的記憶干細(xì)胞。

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標(biāo)題：全基因組 DNA 甲基化圖譜分析肝癌早期階段表觀遺傳標(biāo)志物

時間：2020/11/25

單位：西奈山伊坎醫(yī)學(xué)院

期刊：Hepatology  14.679

平臺：450K

背景：TERT 啟動子的突變是早期肝癌發(fā)生的重要標(biāo)志，但我們對驅(qū)動這一過程的分子改變知之甚少。表觀遺傳異常是早期惡性腫瘤中的關(guān)鍵事件。因此，作者主要想解釋以下兩個問題：1）分析腫瘤前病變向早期 HCC (eHCC) 轉(zhuǎn)變過程中的 DNA 甲基化變化，并確定候選的表觀遺傳標(biāo)志物；2）評估肝硬化組織中甲基化變化的預(yù)后潛力。作者使用 Illumina HumanMethylation450 芯片對 390 個樣本進(jìn)行甲基化譜分析，包括：16 例正常肝組織樣本，139 例肝硬化樣本，8 個非典型性增生結(jié)節(jié)樣本（包括 6 個低級別和 2 個高級別非典型性增生結(jié)節(jié)）和 227 個 HCC 組織樣本（43 個為小于 2cm 的小腫瘤（即早期肝癌），184 個為大于 2cm 的腫瘤（即進(jìn)展期肝癌）。作者從從肝硬化組織到非典型性增生結(jié)節(jié)直至形成小的 HCC 組織這一過程鑒定出 30 個潛在的表觀遺傳標(biāo)志基因，并將這些基因啟動子處甲基化與基因表達(dá)進(jìn)行關(guān)聯(lián)，發(fā)現(xiàn) TSPYL5、KCNA3、LDHB 和 SPINT2 基因在甲基化水平和表達(dá)之間存在顯著的負(fù)相關(guān)關(guān)聯(lián)。這些基因參與 TP53，cAMP，絲氨酸蛋白酶和 NADH 調(diào)控途徑。這 4 個基因的甲基化水平異常在兩個外部數(shù)據(jù)集中也得到了驗證。Kmeans 聚類分析將患者分成 M1 和 M2 兩類，分別包含 55 名和 75 名患者，通過分析兩組患者的生存率數(shù)據(jù)，發(fā)現(xiàn) M2 類患者的總生存期較短（平均生存期，51.9 個月 vs 60.1 個月），說明癌旁肝硬化組織中的 DNA 甲基化水平具有預(yù)測預(yù)后的潛力。研究發(fā)現(xiàn)正常肝組織和 HCC 之間的差異大。與非惡性組織相比，HCC 樣本在 DNA 甲基化變化方面積累了高的變異性。在正常、肝硬化、非典型性增生和 HCC 之間觀察到的 DNA 甲基化變化梯度可以準(zhǔn)確區(qū)分肝癌發(fā)生過程中的不同組織學(xué)階段，并報告了 4 個基因（TSPYL5、KCNA3、LDHB 和 SPINT2 基因）可以作為從癌前病變過渡到早期 HCC 的候選新表觀遺傳學(xué)標(biāo)志物。

- 03 - 

標(biāo)題：生殖細(xì)胞驅(qū)動的復(fù)制修復(fù)缺陷型高級神經(jīng)膠質(zhì)瘤表現(xiàn)出獨特的低甲基化模式

時間：2020/11

單位：基督城醫(yī)院

期刊：Acta Neuropathol  14.251 

平臺：450K、850K

背景：在復(fù)制修復(fù)缺陷（RRD）相關(guān)基因的種系突變的背景下，RRD 導(dǎo)致的過度突變是高級神經(jīng)膠質(zhì)瘤（HGG）的重要驅(qū)動機(jī)制。盡管 HGG 呈現(xiàn)與致癌突變相對應(yīng)的 DNA 甲基化的特定模式，但在 RRD 腫瘤中尚未對此進(jìn)行充分研究。作者利用 450K、850K 甲基化陣列分析了 RRD 基因突變背景下產(chǎn)生的 51 個 HGG，并將他們與不明確是否來自 RRD 患者的 HGG 進(jìn)行比較。RRD HGG 的膠質(zhì)瘤基因具有繼發(fā)性突變?nèi)?IDH1 和 H3F3A，并表現(xiàn)出這些甲基化亞群相對應(yīng)的甲基化模式。缺乏這些已知次級突變的 RRD HGG 與一組先前標(biāo)記為“Wild type-C”或“Paediatric RTK 1”的未完全描述的 HGG 聚集在一起。對兩個 HGG 隊列的獨立分析顯示，其他 RRD / 超突變腫瘤聚集在這些亞組中，這表明未診斷的 RRD 可能通過該位置驅(qū)動某些 HGG 聚集。與其他癌癥中描述的 CpG 島甲基化表型相比，RRD HGG 表現(xiàn)出獨特的 CpG 島去甲基化表型。低甲基化富集于基因啟動子，對細(xì)胞存活至關(guān)重要的通路（包括細(xì)胞周期、基因表達(dá)、細(xì)胞代謝和組織）中的基因啟動子上主要呈現(xiàn)低甲基化趨勢。這些數(shù)據(jù)表明，甲基化芯片數(shù)據(jù)可為 RRD HGG 的檢測提供診斷信息。

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標(biāo)題：直至 26 歲，出生時的 DNA 甲基化與肺功能的發(fā)育有關(guān)

時間：2020/11/19

單位：孟菲斯大學(xué)

期刊：Eur Respir J  12.339 

平臺：850K、表達(dá)譜芯片

背景：關(guān)于出生時 CpG 位點的 DNA 甲基化是否預(yù)測肺功能發(fā)育模式知之甚少。作者使用 IOWBC-F1 隊列親本的的足跟刺干血斑 DNA 甲基化數(shù)據(jù)尋找與肺功能相關(guān)的 CpG 位點。首先，作者使用臍帶血重復(fù)了 ALSPAC 隊列中的的 DNA 甲基化數(shù)據(jù)，主要針對 8、15 和 24 歲的肺功能，在 IOWBC-F1 隊列中對 396 名男孩和 390 名女孩的肺功能進(jìn)行了全基因組篩選。參與發(fā)育過程的 GLUL，MYCN，HLX，LHX1，COBL，COL18A1，STRA6 和 WNT11 在 IOWBC-F1 和 ALSPAC 中沿相同方向與肺功能顯著相關(guān)，并在出生時，IOWBC-F1 隊列中的強(qiáng)肺功能和弱肺功能人群在 10 歲和 18 歲時表現(xiàn)出穩(wěn)定的模式。在 IOWBC-F2 隊列中，LHX1 和 COL18A1 上的 CpGs 與基因表達(dá)相關(guān)。在兩個大隊列中，新生 DNA 甲基化與青春期和成年早期的肺功能模式有關(guān)，這為預(yù)防不良肺功能發(fā)展提供了方向。

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標(biāo)題：額葉前額葉皮層 DNA 甲基化差異的表觀基因組全薈萃分析提示了阿爾茨海默氏病的免疫過程

時間：2020/11/30

單位：邁阿密大學(xué)

期刊：Nat Commun  12.121 

平臺：450K

摘要：阿爾茨海默氏?。ˋD）中的 DNA 甲基化差異已有報道。在這里，作者對 1000 多個前額葉皮層腦樣本進(jìn)行了薈萃分析，以區(qū)分多個隊列中一致的甲基化差異。作者通過使用統(tǒng)一的分析方法，確定了 3751 個 CpG 和 119 個與 Braak 階段顯著相關(guān)的差異甲基化區(qū)域（DMR）。作者的分析確定了甲基化差異基因，例如 MAMSTR，AGAP2 和 AZU1，并確定重要的 DMR 位于編碼刺激 MEF2C 輔因子的 MAMSTR 上。值得注意的是，MEF2C 可以與另一個 AD 基因網(wǎng)絡(luò)的中心轉(zhuǎn)錄因子 PU.1 協(xié)同作用。作者的富集分析強(qiáng)調(diào)了免疫系統(tǒng)和 polycomb repressive complex 2 在病理性 AD 中的潛在作用。這些結(jié)果可能有助于促進(jìn)未來進(jìn)一步研究 AD 機(jī)制和生物標(biāo)志物。

- 06 - 

標(biāo)題：對 10 個軍事和民用人群進(jìn)行 PTSD 的表觀基因組薈萃分析，確定 AHRR 的甲基化水平發(fā)生改變

時間：2020/11/24

單位：美國亞特蘭大埃默里大學(xué)

期刊：Nat Commun  12.121

平臺：450K、非靶向代謝組

摘要：創(chuàng)傷后應(yīng)激障礙（PTSD）的特點是重新體驗、回避和過度狂熱的癥狀，可以對情緒和生理健康產(chǎn)生負(fù)面影響。雖然不是每個經(jīng)歷過創(chuàng)傷的人都會發(fā)展成創(chuàng)傷后應(yīng)激障礙，但那些經(jīng)歷過創(chuàng)傷的人往往會出現(xiàn)嚴(yán)重的致殘癥狀。研究表明，遺傳和環(huán)境因素都會導(dǎo)致患創(chuàng)傷后應(yīng)激障礙的風(fēng)險。表觀遺傳學(xué)差異可能有助于區(qū)分創(chuàng)傷后應(yīng)激障礙（PTSD）病例和創(chuàng)傷暴露對照組。在此，研究人員描述了迄今為止大的 PTSD DNA 甲基化薈萃分析的結(jié)果。該研究包含了 10 個軍隊和平民隊列，囊括了來自 1,896 個 PTSD 病例和創(chuàng)傷暴露對照的血源 DNA 甲基化數(shù)據(jù)。進(jìn)行多次比較調(diào)整后，芳烴受體阻遏物（AHRR）中的四個 CpG 位點與 PTSD 相關(guān)，與對照組相比，PTSD 病例的 DNA 甲基化程度較低。盡管已知 AHRR 甲基化與吸煙有關(guān)，但是在非吸煙者中 AHRR 與 PTSD 的聯(lián)系明顯，說明該結(jié)果與吸煙狀況無關(guān)。代謝組學(xué)數(shù)據(jù)的評估顯示，AHRR 甲基化與犬尿氨酸水平相關(guān)，而犬尿氨酸水平在 PTSD 受試者中較低。該研究支持 PTSD 患者中的表觀遺傳學(xué)差異，并提示犬尿氨酸的降低是導(dǎo)致 PTSD 免疫失調(diào)的一個因素。

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