Duang~Duang~Duang~ DNA 甲基化新鮮速遞來啦！

今天小編為大家呈上 2021 年 03 月的 DNA 甲基化研究成果，一起來看一下吧！

截止今日，03 月以 DNA methylation 為關鍵詞檢索到的文獻一共有 607 篇，小編挑出以下 5 篇作為重點分享內容。這 5 篇文章主要面對臨床疾病與癌癥方向，包括多組學 DNA 甲基化圖譜的揭示、疾病的甲基化分型與標志物等研究方向。小編在文末附表中也列出更多 DNA 甲基化研究的文獻和高分綜述的研究方向、登刊時間、技術平臺和摘要等信息，讓您不用再費時費力搜索，就能輕松獲取 03 月新的 DNA 甲基化研究成果和動態，平均 IF>10。

文章展示

標題：人腦中 DNA 甲基化的性別差異和相關的調節網絡與精神病性偏見風險有關

時間：2021/03

單位：中南大學

期刊：Mol Psychiatry（IF 12.384）

平臺：450K、RNA-seq

摘要：許多精神疾病具有明顯的性別差異，但是其潛在機制尚不完全清楚。DNA 甲基化在調節基因表達中起著重要作用，影響人腦的性別差異。以前大多數研究中只關注 DNA 甲基化，而沒有考慮調節網絡對精神病性偏見的貢獻。DNA 甲基化將遺傳和環境因素與高級大腦功能聯系起來，從而在復雜的調控網絡中起重要作用，本片文章中研究人員主要研究了不同 DNA 甲基化相關的調控網絡，并評估它們對精神疾病風險的貢獻。研究人員收集了來自 3 個隊列的 1408 個人死后的腦組織樣本，以識別性別差異甲基化位置（DMP）和區域（DMR），確得到了數千個 DMP 和 DMR，其中 DMR 主要富集在神經元相關途徑。隨后，研究人員通過整合甲基化定量特征位點（meQTLs），基因表達和蛋白質 - 蛋白質相互作用數據，對性別差異性甲基化和精神病相關的調控網絡進行進一步的補充。結果觀察到精神疾病相關基因組中大量富集性相關基因。接著，研究人員們將 2080 個帶有性別偏見和與精神疾病相關的基因，如 NRXN1、NRXN2、NRXN3、FDE4A 和 SHANK2 進行了優先排序。結果發現，突觸相關通路和信號通路被顯著富集，表明這些神經元通路的性別差異基因可能是導致精神疾病的性別偏倚的原因。

標題：利用 DNA 甲基化可預測蝙蝠的年齡

時間：2021/03/12

單位：馬里蘭大學

期刊：Nat Commun（IF 12.121）

平臺：Horvath Mammal Methyl Chip40

摘要：包括許多蝙蝠在內的超長壽命物種很少顯示出明顯的衰老跡象，因此很難確定物種壽命為何不同。在這里，研究人員利用 712 個已知年齡的蝙蝠的 DNA 甲基化（DNAm）譜，代表 26 個物種，來識別與年齡和壽命相關的表觀遺傳變化。我們證明 DNAm 準確預測實際年齡。跨物種，壽命與年齡相關位點的 DNAm 變化速率呈負相關。此外，對幾種蝙蝠基因組的分析表明，年齡和壽命相關的高甲基化位點不成比例地位于關鍵轉錄因子（TF) 的啟動子區域，并富集與轉錄調控相關的組蛋白和染色質特征。預測的 TF 結合位點分析表明，與年齡相關的甲基化變化受發育過程的影響，而與長壽相關的 DNAm 變化與先天免疫或腫瘤發生基因有關，這表明蝙蝠長壽是免疫反應增強和癌癥抑制的結果。

標題：腫瘤 DNA 甲基化與肉瘤患者抗 PD- 1 免疫檢查點抑制劑單一療法的反應有關

時間：2021/03

單位：北京協和醫院

期刊：J Immunother Cancer（IF 10.252）

平臺：850K

背景：部分肉瘤對免疫檢查點抑制有反應，但尚無生物標志物預測。作者分析了腫瘤 DNA 甲基化與免疫反應和抗 PD- 1 免疫檢查點抑制劑（ICI）治療在肉瘤患者中的作用。統計學分析發現，抗 PD-1 ICI 療法與 DNA 甲基化特征和免疫數據相關。結果確定了 2453 個不同甲基化 CpG 位點（DMPs：2043 個降低和 410 個增加）。基于這些  DMP 的肉瘤樣本聚類得到兩個亞群：甲基化集群 1（MC1）由 73%  的響應者組成，甲基化集群  2（MC2）僅包含反  PD-1 ICI  的非響應者。MC1 和 MC2 患者抗  PD-1  治療開始后的生存中位數分別為 16.5 個月和 1.9 個月（p=0.001）。這些患者的整體存活率中位數分別為 34.4 個月和 8.0 個月（p=0.029）。顯著的 DNA 甲基化差異主要富集在 Rap1 信號、黏著斑、PI3K- ECM- 受體通路中。該項研究表明，腫瘤 DNA 甲基化特征可以作為肉瘤中抗 PD-1 ICI 治療反應的檢測標志物。

標題：兒童過敏中的 DNA  甲基化特征——MeDALL  研究

時間：2021/03

單位：格羅寧根大學

期刊：J Allergy Clin Immunol（IF 10.228）

平臺：450K

摘要：過敏相關的差異 DNA 甲基化位點可能為哮喘、鼻炎和濕疹等病因提供新的見解。研究人員在 MeDALL 隊列中，對全血 DNA 甲基化進行了全表觀基因組關聯研究。過敏被定義為有至少 1 項過敏性疾病（哮喘，鼻炎，或濕疹）癥狀且血清 IgE 陽性。該研究涵蓋來自 3 個出生隊列的人群，分別為 219 例患者和 417 例對照組，228 例患者和 593 例對照組，以及 325 例患者和 1111 例對照組。此外，研究人員對來自 8 個隊列的 785 例過敏癥狀患者和 2124 例對照組的 21 個甲基化位點進行了驗證。結果鑒定出 80 個差異甲基化 CpG 位點，在發現階段具有 1% 到 3% 的甲基化差異，在 meta 分析后，其中 21 個（包括 5 個新的 CpG 位點）具有全基因組顯著性。這 21 個 CpG 位點主要位于 ACOT7、LMAN3 和 CLDN23 基因上，其甲基化程度在哮喘、鼻炎和濕疹等過敏癥狀中也存在顯著差異。這項研究表明，全血中的這 21 個 CpG 位點的 DNA 甲基化程度降低與兒童過敏顯著相關。為哮喘、鼻炎和濕疹的等過敏癥狀的共同分子機制提供了新的見解。

標題：全基因組 DNA 甲基化的分析可識別神經退行性疾病的關聯

時間：2021/03/26

單位：昆士蘭大學

期刊：Genome Biol（IF 10.806）

平臺：450K、850K  

摘要：神經退行性疾病患者會表現出不同的臨床綜合征、遺傳異質性和明顯的腦病理變化，但有研究表明這些癥狀之間存在重疊。DNA 甲基化（DNAm）是由遺傳變異和環境的綜合影響決定的，為探索這種重疊和異質性提供了一種的方向。這項研究目的是識別對照組與阿爾茨海默病、肌萎縮性側索硬化癥和帕金森病患者之間的血液 DNAm 差異。研究人員通過使用混合線性模型方法（MOMENT），測試每個 DNA 甲基化位點分別與每種疾病的關聯。雖然在肌萎縮性側索硬化癥和帕金森氏病的每一時刻關聯分析中，只有三個探針被發現具有全基因組顯著性（與阿爾茨海默病無關），但 meta 分析發現了 12 個全基因組顯著差異甲基化位點。在所有神經退行性疾病中，預測的免疫細胞類型比例失衡。在一個健康的老年隊列中，蛋白質炎癥標志物與來自疾病相關免疫細胞類型比例的輪廓總分相關。這項研究中，研究人員確定了全血中神經退行性疾病之間的不同甲基化位點，為這些疾病的共同致病機制指明方向。總的來說，這些共同的差異甲基化位點可能會反映疾病的發病機制，但它們不能解釋細胞類型比例的差異。

文章列表

文末列出了小編整理出的完整文獻列表，如果您對其中一些文獻更感興趣，掃描下方二維碼獲取文獻原文。

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備注：2021 年 03 月甲基化文獻！

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