伯豪生物目前已經(jīng)先后建成 DNA 甲基化檢測芯片 / 二代測序平臺，RNA 甲基化和染色質(zhì)可及性服務(wù)平臺，組蛋白修飾和轉(zhuǎn)錄因子分析平臺等。
2012 年至今，伯豪生物表觀產(chǎn)品線已累計(jì)為客戶完成上千例科研服務(wù)項(xiàng)目，涉及組織、細(xì)胞、全血、FFPE、唾液、ctDNA 等各種實(shí)驗(yàn)樣本數(shù)萬例，涵蓋腫瘤、胚胎發(fā)育、復(fù)雜疾病等各個(gè)領(lǐng)域。
2021 年，伯豪客戶使用 850K、甲基化捕獲測序（MC-seq）、全基因組甲基化測序（WGBS）和 m6A-seq 等甲基化研究技術(shù)分別在 Theranostics、ACS Nano、Front Cell Dev Biol.、PNAS、Ann Rheum Di 等期刊發(fā)表論文 11 篇，累計(jì)影響因子 75+。
文 章
標(biāo)題：Methylation-mediated LINC00261 suppresses pancreatic cancer progression by epigenetically inhibiting c-Myc transcription
甲基化介導(dǎo)的 LINC00261 通過表觀遺傳抑制 c -Myc 轉(zhuǎn)錄抑制胰腺癌進(jìn)展
發(fā)表期刊：Theranostics
影響因子：IF=11.227
伯豪公司提供的產(chǎn)品或服務(wù)：850K 甲基化芯片和焦磷酸測序
摘要：胰腺癌由于其早期診斷和治療策略的局限性仍然是對人類健康的重大威脅。然而，LINC00261 在 PC 中的潛在作用仍在很大程度上未知。LINC00261 在 PC 組織中顯著下調(diào)，其表達(dá)與 PC 患者的預(yù)后呈正相關(guān)。表型研究表明，LINC00261 過表達(dá)顯著抑制了 PC 細(xì)胞的增殖、遷移和轉(zhuǎn)移。c-Myc 被確定為 LINC00261 的下游目標(biāo)。LINC00261 通過物理作用和結(jié)合 p300/CBP 的溴結(jié)構(gòu)域抑制 c -Myc 轉(zhuǎn)錄，阻止 p300/CBP 招募到 c -Myc 的啟動子區(qū)域，降低 H3K27Ac 水平。此外，LINC00261 啟動子的甲基化水平在 PC 組織中較高，與不良預(yù)后相關(guān)。LINC00261 啟動子的靶向去甲基化抑制了 PC 在體內(nèi)和體外的進(jìn)展。我們的研究結(jié)果表明，甲基化介導(dǎo)的 LINC00261 通過表觀遺傳抑制 c -Myc 的表達(dá)來抑制 PC 進(jìn)程。這些發(fā)現(xiàn)擴(kuò)大了 LINC00261 的治療潛力，可能為表觀遺傳藥物或治療策略的開發(fā)提供證據(jù)。本研究進(jìn)一步揭示了 PC 的病因，并提示 LINC00261 可能是 PC 的一個(gè)預(yù)后和治療靶點(diǎn)。
標(biāo)題：Genome-Wide DNA Methylation Alterations and Potential Risk Induced by Subacute and Subchronic Exposure to Food-Grade Nanosilica in Mice
暴露于食品級納米二氧化硅的小鼠肝臟引起了全基因組 DNA 甲基化改變和潛在風(fēng)險(xiǎn)
發(fā)表期刊：ACS Nano
影響因子：IF=15.881
伯豪公司提供的產(chǎn)品或服務(wù)：Whole-Genome DNA Methylation Sequencing (WGBS)
摘要：納米材料在食品工業(yè)中的廣泛應(yīng)用引起了人們對其對人類健康潛在風(fēng)險(xiǎn)的擔(dān)憂。然而，關(guān)于食品中納米材料的生物安全性的數(shù)據(jù)有限，特別是在表觀遺傳水平上。本研究研究了兩種類型的合成無定形二氧化硅（SAS) 的影響，食品級沉淀二氧化硅（S200) 和氣相二氧化硅 200F (A200F)，它們是納米橙色食品添加劑。通過飲食連續(xù)和間歇性亞急性暴露于這些 SAS 28 天后，小鼠外周血白細(xì)胞和肝臟的全基因組甲基化水平以劑量和 SAS 類型依賴的方式顯著改變，傳統(tǒng)的毒理學(xué)評估檢測出小的毒性，特別是在人類相關(guān)劑量（HRD) 下。84 天連續(xù)亞慢性暴露于所有劑量的 S200 和 A200F 誘導(dǎo)肝臟脂肪變性，S200 甚至在 HRD 時(shí)也在肝臟中積累。全基因組 DNA 甲基化測序結(jié)果顯示，在 84 天高劑量連續(xù)暴露后，兩種 SAS 誘導(dǎo)的差異甲基化區(qū)域主要位于內(nèi)含子、基因間和啟動子區(qū)域。差異甲基化基因的生物信息學(xué)分析表明，暴露于 S200 或 A200F 可能導(dǎo)致脂質(zhì)代謝紊亂和癌癥的發(fā)展。通路驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)表明這兩種 SAS 類型都具有潛在的致癌作用。S200 抑制 p53 介導(dǎo)的小鼠肝臟凋亡通路，而 A200F 激活 HRAS 介導(dǎo)的 MAPK 信號通路，這是肝癌發(fā)生的關(guān)鍵驅(qū)動因素。因此，在對食品級納米材料進(jìn)行風(fēng)險(xiǎn)評估時(shí)，必須注意長期暴露于食品級 SAS 的風(fēng)險(xiǎn)，并將表觀遺傳參數(shù)作為終點(diǎn)。
標(biāo)題：Comprehensive Analysis of the Transcriptome-Wide m6A Methylation Modification Difference in Liver Fibrosis Mice by High-Throughput m6A Sequencing
肝纖維化小鼠的全轉(zhuǎn)錄組 m6A 甲基化修飾差異
發(fā)表期刊：Front Cell Dev Biol
影響因子：IF=6.684
雜志中科院分區(qū)：中科院雜志分區(qū) 2 區(qū)
伯豪公司提供的產(chǎn)品或服務(wù)：M6A-seq
摘要：m6A 是真核生物中獨(dú)特而常見的 mRNA 修飾方法，參與許多疾病的發(fā)生和發(fā)展。肝纖維化（LF) 是慢性肝損傷的一種常見反應(yīng)，可能導(dǎo)致肝硬化，甚至肝癌。然而，m6A 甲基化在 LF 發(fā)育中的作用仍不清楚。在本研究中，我們使用 LF 小鼠對肝臟全基因組 m6A 修飾和 m6A-seq 和 RNA-seq mRNA 表達(dá)進(jìn)行了系統(tǒng)評估。共有 3315 個(gè)基因 m6A 水平顯著差異，其中 2498 個(gè)基因發(fā)生高甲基化，817 個(gè)基因發(fā)生低甲基化。GO 和 KEGG 分析表明 m6A 差異表達(dá)基因與內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激反應(yīng)、PPAR 信號通路、TGF- β 信號通路等過程密切相關(guān)。m6A-seq 和 RNA-seq 聯(lián)合分析顯示，共有 90 個(gè)基因 m6A 水平和 mRNA 表達(dá)均有顯著變化。因此，通過 RT-qPCR 和 Western blot 鑒定了 m6A 修飾的關(guān)鍵元件，包括甲基轉(zhuǎn)移酶 WTAP、去甲基酶 ALKBH5 和結(jié)合蛋白 YTHDF1。在另一項(xiàng)細(xì)胞實(shí)驗(yàn)中，我們還觀察到 WTAP 的表達(dá)降低可誘導(dǎo)肝星狀細(xì)胞（HSC) 的發(fā)育。因此，本研究揭示了 LF 小鼠特有的差異 m6A 甲基化模式，提示 m6A 甲基化與 LF 的發(fā)生、發(fā)展有一定的相關(guān)性。
標(biāo)題：Comparison of Genome-Wide DNA Methylation Profiles of Human Fetal Tissues Conceived by in vitro Fertilization and Natural Conception
體外受精和自然受孕的人類胎兒組織全基因組 DNA 甲基化譜的比較
發(fā)表期刊：Front Cell Dev Biol
影響因子：IF=6.684
伯豪公司提供的產(chǎn)品或服務(wù)：450K 甲基化芯片
摘要：輔助生殖技術(shù)（ART) 可能會導(dǎo)致不良妊娠結(jié)局，并增加后代后期代謝性疾病的風(fēng)險(xiǎn)，原因不明。在這里，我們評估了自然受孕后選擇性終止妊娠（ETP) 和體外受精和胚胎移植（IVF-ET) 后多胎妊娠減少（MFPR) 胎兒組織的整體甲基化水平和甲基化譜。結(jié)果： 自然受孕 ETP 組和 IVF-ET 組 MFPR 組胎兒組織整體甲基化水平具有可比性。熱圖和候選差異甲基化區(qū)域（DMRs) 的分層聚類顯示了 ETP 和 MFPR 樣本中 DMRs 之間的差異。我們在 ETP 組和 MFPR 組之間確定了 196 個(gè)甲基化區(qū)域，它們匹配了 164 個(gè)基因。通過 GO 和 KEGG 富集分析在骨骼系統(tǒng)形態(tài)發(fā)生和糖尿病通路有富集。IPA 分析揭示了 8 種與 IVT-ET 相關(guān)的疾病和功能注釋。在 MFPR 組， 終驗(yàn)證顯示骨形態(tài)發(fā)生蛋白 4 (BMP4) 基因體的甲基化水平較低，甲狀腺過氧化物酶（TPO) 第 1 外顯子和 5’UTR 的甲基化水平較高，白細(xì)胞介素 1 β (IL1B) 的 TSS1500 和 TSS200 的甲基化水平較高。結(jié)論：ART 不會改變?nèi)祟愄赫w DNA 甲基化水平，但會影響胎兒早期特定區(qū)域 DNA 甲基化的變化。需要進(jìn)一步的研究來闡明 DNA 甲基化水平改變在基因表達(dá)譜中的潛在作用。
標(biāo)題：Danhong Injection Alleviates Cardiac Fibrosis via Preventing the Hypermethylation of Rasal1 and Rassf1 in TAC Mice
丹紅注射液通過抑制 TAC 小鼠 Rasal1 和 Rassf1 的高甲基化減輕心肌纖維化
發(fā)表期刊：Oxid Med Cell Longev
影響因子：IF=6.576
伯豪公司提供的產(chǎn)品或服務(wù)：甲基化捕獲測序（MC-seq）
摘要：丹紅注射液（DHI) 是一種用于治療心血管疾病的中成藥。近年的研究表明，DNA 甲基化在心血管疾病中心肌纖維化（CF) 的維持中起著關(guān)鍵作用。本研究旨在探討 DHI 對 CF 的影響及其機(jī)制，特別是對 DNA 甲基化的影響。 方法： 采用胸主動脈縮窄術(shù)（TAC) 建立 CF 小鼠模型。TAC 手術(shù)后立即進(jìn)行 28 天的每日注射 DHI 或不注射 DHI 的治療。超聲心動圖和免疫染色檢測 TAC 后心功能、病理和纖維化的變化。我們使用甲基測序分析來評估整個(gè)基因的 DNA 甲基化變化，并確定了 TAC 小鼠兩個(gè) Ras 信號相關(guān)基因的甲基化變化，包括 Ras 蛋白激活因子 like-1 (Rasal1) 和 Ras- 關(guān)聯(lián)域家族 1 (Rassf1)。然后分別通過亞硫酸氫鹽測序、定量逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈反應(yīng)（RT-qPCR) 和 Western blotting 來鞏固 Rasal1 和 Rassf1 基因的甲基化狀態(tài)和表達(dá)水平。通過 RT-qPCR 和 Western blotting 檢測 DNA 甲基轉(zhuǎn)移酶（DNMTs)、Tet 甲基胞嘧啶雙加氧酶 3 (TET3)、纖維化相關(guān)基因的表達(dá)和 Ras/ERK 活性，以確定其分子機(jī)制。結(jié)果： 在 TAC 第 28 天，DHI 治療可減輕 CF 并顯著改善心功能。甲基 -seq 分析鑒定出 42,606 個(gè)差異甲基化位點(diǎn)（dms)，包括 19,618 個(gè)高甲基化 dms 和 22,988 個(gè)低甲基化 dms。這些 dms 的富集分析表明，Ras 信號轉(zhuǎn)導(dǎo)和局灶性粘附相關(guān)基因的甲基化調(diào)控可能參與 tac 誘導(dǎo)的 CF 發(fā)育。甲基化捕獲測序結(jié)果顯示 tac 誘導(dǎo)的甲基化影響了 Rasal1 和 Rassf1 基因的 CpG 位點(diǎn)，DHI 處理顯著下調(diào)了 CF 心臟 Rasal1 和 Rassf1 啟動子的甲基化。DHI 可上調(diào) Rasal1 和 Rassf1 的表達(dá)，抑制 Ras/ERK 的過度活躍，降低纖維化相關(guān)基因的表達(dá)。值得注意的是，我們發(fā)現(xiàn) DHI 治療顯著下調(diào)了 CF 心臟 DNMT3B 的表達(dá)，而不影響 DNMT1、DNMT3A 和 TET3 的表達(dá)。 結(jié)論：Rasal1 和 Rassf1 基因異常的 DNA 甲基化參與了 CF 的發(fā)育。DHI 治療可減輕 CF，阻止 Rasal1 和 Rassf1 的高甲基化，下調(diào) CF 心臟 DNMT3B 的表達(dá)。
標(biāo)題：Reprogrammed intestinal functions in Astragalus polysaccharide-alleviated osteoporosis: combined analysis of transcriptomics and DNA methylomics demonstrates the significance of the gut–bone axis in treating osteoporosis
黃芪多糖減輕骨質(zhì)疏松癥的腸道功能重編程：結(jié)合轉(zhuǎn)錄組學(xué)和 DNA 甲基組學(xué)分析表明腸骨軸在治療骨質(zhì)疏松癥中的重要性
發(fā)表期刊：Food & Function
影響因子：IF=5.396
伯豪公司提供的產(chǎn)品或服務(wù)：甲基化捕獲測序（MC-seq）
摘要：研究人員已經(jīng)注意到，骨骼和腸道之間的器官 - 器官通信對骨骼健康和相關(guān)疾病有顯著影響。在本研究中，我們收集地塞米松誘導(dǎo)的骨質(zhì)疏松大鼠和黃芪多糖緩解骨質(zhì)疏松大鼠的結(jié)腸上皮組織，并采用轉(zhuǎn)錄組測序來研究腸內(nèi)發(fā)生的功能變化。主成分分析結(jié)果表明，地塞米松（骨質(zhì)疏松誘導(dǎo)因子）和黃芪多糖（APS) 均對腸道基因表達(dá)譜進(jìn)行了重編程。進(jìn)一步的分析分別在骨質(zhì)疏松和 aps 處理的骨質(zhì)疏松大鼠中鑒定出 496 和 291 個(gè)差異表達(dá)基因（DEGs)。對這些 DEGs 的 KEGG 富集分析表明，APS 治療可進(jìn)一步改善骨質(zhì)疏松引起的腸道功能障礙。進(jìn)一步分析表明，黃芪多糖可通過逆轉(zhuǎn) 53 個(gè) DEGs 的表達(dá)恢復(fù)骨質(zhì)疏松大鼠的腸功能。破骨細(xì)胞分化的恢復(fù)和鈣信號通路的恢復(fù)可能有助于骨質(zhì)疏松癥的改善。此外，利用甲基捕獲測序（MC-Seq)，我們研究了 DNA 甲基化的變化，并對地塞米松和 aps 誘導(dǎo)的基因表達(dá)變化進(jìn)行了表觀遺傳學(xué)分析。在本研究中，骨質(zhì)疏松癥被觀察到引起腸道功能障礙，這是該疾病的并發(fā)癥。更重要的是，APS 通過腸骨軸重新編程腸道功能來緩解骨質(zhì)疏松癥。我們的研究結(jié)果支持了腸骨軸的存在，并提出了通過腸骨軸治療骨質(zhì)疏松癥的新治療機(jī)會。
標(biāo)題：CpG methylation signature defines human temporal lobe epilepsy and predicts drug-resistant
CpG 甲基化特征定義人類顳葉癲癇和預(yù)測耐藥
發(fā)表期刊：Food & Function
影響因子：IF=5.396
伯豪公司提供的產(chǎn)品或服務(wù)：甲基化捕獲測序（MC-seq）
摘要：顳葉癲癇（TLE) 是成人常見的局灶性癲癇綜合征，常發(fā)生耐藥，需要手術(shù)治療，預(yù)后較好。此外，認(rèn)知障礙和精神疾病合并癥，包括抑郁和焦慮障礙，加上長期的實(shí)際癲癇發(fā)作和伴隨藥物使用，往往會對生活質(zhì)量和個(gè)人健康造成嚴(yán)重影響。目前，癲癇的診斷主要依靠臨床表現(xiàn)、神經(jīng)影像學(xué)和腦電圖。這些方法不僅昂貴、耗時(shí)，而且需要專業(yè)設(shè)備和訓(xùn)練有素的專家，許多患者無法獲得這些設(shè)備，從而在一定程度上造成延誤診斷或誤診。此外，藥物反應(yīng)預(yù)測主要基于臨床經(jīng)驗(yàn)的主觀特征，尚未形成定論。及時(shí)發(fā)現(xiàn)耐藥患者使癲癇手術(shù)獲益成為可能。因此，迫切需要生物標(biāo)志物來輔助當(dāng)前的診斷和預(yù)測治療結(jié)果。DNA 甲基化標(biāo)志物作為標(biāo)志物的成功案例有 MGMT 啟動子甲基化可預(yù)測膠質(zhì)母細(xì)胞瘤和血漿中甲基化 SEPTIN 9(SEPT9) 檢測無癥狀結(jié)直腸癌，這些都已被納入臨床指南并轉(zhuǎn)化為商業(yè)化臨床試驗(yàn)。此外，有還有一種趨勢是研究人員更傾向于多種 CpG 標(biāo)記的組合生物標(biāo)志物。在本研究中，作者旨在識別和驗(yàn)證 TLE 中疾病相關(guān)和藥物反應(yīng)相關(guān)的 DNA 甲基化標(biāo)志物。首先在 TLE 患者中進(jìn)行了全基因組 DNA 甲基化分析；然后在訓(xùn)練隊(duì)列中選取候選的 CG 位點(diǎn)，并利用機(jī)器學(xué)習(xí)算法在另一個(gè)獨(dú)立隊(duì)列中對這些 CpG 位點(diǎn)進(jìn)行驗(yàn)證。此外，還生成了包含 DNA 甲基化和臨床病理數(shù)據(jù)的 nomogram 圖來預(yù)測整個(gè)患者隊(duì)列的藥物反應(yīng)。通過生物信息學(xué)分析尋找各生物標(biāo)志物 CpGs 對應(yīng)基因的可能聯(lián)系。
標(biāo)題：Association of DNA methylation and transcriptome reveals epigenetic etiology of heart failure
DNA 甲基化和轉(zhuǎn)錄組的關(guān)聯(lián)揭示了心力衰竭的表觀遺傳學(xué)病因
發(fā)表期刊：Functional & Integrative Genomics
影響因子：IF= 3.41
伯豪公司提供的產(chǎn)品或服務(wù)：甲基化捕獲測序（MC-seq）
摘要：表觀遺傳修飾，即 DNA 甲基化、組蛋白修飾和基于 RNA 的改變在心血管疾病的發(fā)展中起著至關(guān)重要的作用。 在這項(xiàng)研究中，我們研究了 DNA 甲基化，旨在揭示心力衰竭的表觀遺傳病因?qū)W。存活心肌梗死大鼠 1 周后發(fā)生急性心力衰竭。通過甲基化捕獲測序分析基因組 DNA 甲基化變化，并通過 RNA-seq 分析衰竭和假手術(shù)心臟的基因表達(dá)水平。在缺陷心臟中，共有 3480 個(gè)啟動子區(qū)甲基化差異基因，包括轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)和 1934 年轉(zhuǎn)錄組改變的基因。其中 Mettl11b、HDAC3、HDAC11、泛素化相關(guān)基因和 snoRNAs 是尚未報(bào)道的新的表觀遺傳分類器，可能是 HF 的重要調(diào)控因子。
2021 年表觀線有不少高分文章，特別是使用甲基化捕獲測序技術(shù)發(fā)表的文章，說明甲基化捕獲測序技術(shù)作為高性價(jià)比的甲基化研究技術(shù)，非常適用于大小鼠動物模型的全基因組甲基化研究。
實(shí) 驗(yàn) 流 程
技 術(shù) 優(yōu) 勢
? 目錄化人大小鼠
? 10X 覆蓋以上 CpG 位點(diǎn)超過 200 萬個(gè)
? 單堿基分辨率
技 術(shù) 特 點(diǎn)
? 質(zhì)檢合格后，約 35 天拿到分析結(jié)果
? 超低起始量，底限 1ug
? 普通轉(zhuǎn)錄組測序好搭檔
