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GSEA 分析

Demo 結(jié)果

demo 結(jié)果

結(jié)果解讀

通圖顯示的是 GSEA 分析基因集后得到的 GO 的 ES 值。圖上部的曲線表示動(dòng)態(tài) ES 值,左側(cè)標(biāo)題表示此 GO 的 ES 值。ES 越顯著,表示對(duì)基因集的影響越大。


基于 mRNA 表達(dá)的 GSEA 分析介紹

利用不同類(lèi)型數(shù)據(jù)庫(kù)(功能,通路等)的基因集,將基因集中的基因按照在實(shí)驗(yàn)組與對(duì)照組樣本中的差異表達(dá)賦予不同的權(quán)重,然后檢驗(yàn)設(shè)定的基因集的基因表達(dá)變化對(duì)某一個(gè)基因集(功能或通路等)的影響是否具有顯著性意義。

分析要求

兩分組 mRNA 表達(dá)數(shù)據(jù)(差異基因或者關(guān)注基因)。

提供結(jié)果

文本文件:每個(gè)基因集的 ES,NES,pvalue,F(xiàn)DR(Excel,html 格式)。

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