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lncRNA 和 mRNA 共表達分析

Demo 結(jié)果

lncRNA 和 mRNA 共表達分析

通過關鍵 lncRNA 的共表達 mRNA 預測出其功能

結(jié)果解讀

網(wǎng)絡圖為篩選出的核心基因之間的關系,通過圖論的方法計算出關鍵 lncRNA 與 mRNA,并通過關鍵 lncRNA 的共表達 mRNA 預測出其功能。


lncRNA 和 mRNA 共表達分析介紹

共表達網(wǎng)絡圖(Coexpression Network)是根據(jù)基因表達信號值的動態(tài)變化,計算基因間的共表達關系,得到基因間的表達調(diào)控關系及調(diào)控方向,從而構(gòu)建基因的表達調(diào)控網(wǎng)絡。通過研究 lncRNA 與 mRNA 的共表達關系,研究者可通過分析 lncRNA 調(diào)控能力,獲得樣本隨實驗變化的核心調(diào)控 lncRNA。

分析要求

每組數(shù)據(jù) 3 個或 3 個以上生物學重復,每個樣本均含有 lncRNA 與 mRNA 數(shù)據(jù),差異基因或者關注的部分基因。

提供結(jié)果

1、圖片文件(Network 圖),包括 png,PDF 格式;

2、Cytocape 文件:可以 cytoscape 打開進行細節(jié)調(diào)整;

3、文本文件:基因之間共表達相關性以及顯著性,lncRNA,mRNA 核心共表達的排序。

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